Pada suatu musim panas, Hodaka - seorang siswa SMA kelas 1 kabur dari pulau tempat tinggalnya ke Tokyo. Di tengah hujan berkepanjangan, dalm hiruk pikuknya kota tersebut, Hodaka bertemu dengan seorang gadis dengan kekuatan ajaib bernama Hina. Gadis itu hanya perlu memanjatkan doa untuk membuat cuaca menjadi cerah.
Akan tetapi, cuaca semakin tak keruan, hidup mereka dirusak oleh takdir, dan mereka harus memilih cara hidup mereka...